São Sebastião das Águas Claras (Macacos) data do final do século XVII quando a bandeira de Fernão Dias passou pela zona que envolve o Rio das Pedras, Rio Acima, Barra do Ribeirão de Macacos e redondezas, por causa da abundância em minério que era alvo dos garimpeiros. A primeira prova documental oficial da existência de Macacos é a patente do capitão do mato concedida a Manoel Miranda, que trabalhava em Raposos, Congonhas, Vila Gineta, Macacos e Paraopeba, feita em 28 de maio de 1718, em Vila Rica.
Na metade do século XVIII Macacos começou a ser povoada e já constava como arraial no censo populacional feito na Vila de Sabará por volta de 1740. Os primeiros moradores construíram rústicas palhoças, simples coberturas de palha sobre paus-a-pique, sem paredes. Em torno de 1765 o crescimento do Arraial de Macacos se acentuou por causa da exploração aurífera. Isso se deu porque a região servia de rota tanto para os bandeirantes quanto para muitos ilegais que não queriam pagar o quinto – tributo fiscal pago à Coroa portuguesa.
Com uma estrutura na forma de um cone, banhada pelos córregos das Taquaras, Fundo, Tamanduá e Marumbé que deságuam no Ribeirão de Macacos, o lugar serviu de grande atrativo para os mineradores que criaram um centro-consumidor que por sua vez pressionou a criação de um outro abastecedor. Outro fator que contribuiu para o surgimento do arraial foi sua localização próxima do antigo “Caminho da Bahia”, que ligava o território de Minas Gerais ao sertão baiano. Atualmente, poucos são os rastros do período colonial; entre as relíquias destaca-se a Capela de São Sebastião – última construção feita pelos mineradores e comerciantes da região para fazer festas, ofícios e os ritos religiosos.
Com o passar do tempo, Macacos foi se formando, alicerçada, nas atividades de pequena agricultura e comércio de gêneros de primeira necessidade. A extração do ouro durou até meados do séc. XIX, quando o metal tornou-se escasso e sua extração mais difícil, e isso fizeram com que a região ficasse esquecida. Entretanto, nas últimas décadas, Macacos teve esse quadro mudado, pois o turismo, principalmente o ecoturismo, turismo de aventura e o turismo gastronômico vieram para ficar e estão agradando tanto quem visita quanto aos moradores.